制度并轨后，不属于城镇职工基本医疗保险参保范围的城乡居民，包括农村居民、城镇非从业居民等，均可参加居民基本医疗保险，省份内实行统一的城乡居民医保政策，实现统一的管理部门、筹资标准和信息系统。新农合基金和城镇居民医保基金统一为城乡居民医保基金，从执行上看，绝大部分是由人力资源和社会保障部门负责管理和经办，基金专户储存，专账管理。
“整合后的城乡医保制度优于原来的城镇居民医保和新农合制度”，天津市财政局有关人士表示，制度合并的优势，一是居民就医定点医院范围、用药药品目录、诊疗项目目录和服务设施目录实现了与职工医保资源共享。二是结算快捷省事，所有医保定点医院实现了刷卡就医、联网结算。三是门诊特殊病种增多，范围与职工医保相同。
不过，从全国范围来看，医保制度并轨任务进展仍然缓慢，何时完成改革至今尚无结论。
2013年4月份国务院《关于实施国务院机构改革和职能转变方案任务分工的通知》曾要求，当年6月底前完成整合城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责等。然而一年过去，在我国多数地区，三大医保制度中城镇职工医保制度、城镇居民医保制度仍由人力资源和社会保障部统管；新型农村合作医疗由卫计委统管。
“当前三项基本医疗保障制度间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，存在着重复建设、信息不兼容的问题，管理层面也存在协调上的困难。”中央财经大学社会保障系主任褚福灵对《经济参考报》记者表示，机构、制度之间的隔阂，使不同的医保之间难以建立信息共享机制，重复参保现象增加，导致财政负担和管理成本增大。此外，参保人在不同的医保制度之间进行转移接续也存在障碍“随着我国城乡一体化的快速发展，整合三项基本医疗保险制度的管理势在必行。”
对于这一点，多数业内人士认为，整合医保体制已经具备了一定条件。卫计委卫生发展研究中心研究员、卫生财政与绩效研究室主任应亚珍表示，现行的三种医疗保险制度中，居民医保与新农合有很多相同之处，最具融合的基础。两者的自愿参保(参合)、筹资标准、筹资主体等筹资政策基本一致，覆盖人群的经济能力、现有保障受益水平也相差不大，两者并轨管理几乎不存在政策障碍。
不过，她同时表示，城镇职工医保在参保政策、筹资模式及筹资水平等方面与其他两个保险制度的差异较大，特别是筹资水平相差5到7倍左右，保障水平的差距还客观存在。“所以，全国还鲜见把三种医保制度完全并轨的实践，即使有少数地区把三种制度整合在一个部门管理经办，也没有一个地方实现基金互通、补偿政策统一。”应亚珍说。
对于未来如何实现三大医保制度的整合，由国家卫计委组织编写的《中国新型农村合作医疗发展报告(2002-2012年)》(下称“报告”)提出了两个思路。一是先将新农合和城镇居民医保整合为城乡居民医保，再与职工医保整合为全民医保制度。二是先将城镇地区的职工医保和居民医保以家庭为单位整合为城镇基本医保制度，随着城镇化的推进，城镇医保参加人口增加，新农合参加人口减少，待城镇化完成之时再考虑建立统一的全民医保制度。
但报告同时指出，这种整合路径必须正视城乡之间的差距，“整合进度不能操之过急”。采用“分步走”的战略，整合医保管理体制，可能是现实和有效的途径。
